基于加权基因共表达网络分析探究桑树光合相关基因的调控模式

doi:10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2022.24.035

湖北农业科学 ›› 2022, Vol. 61 ›› Issue (24): 163-169.doi: 10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2022.24.035

基于加权基因共表达网络分析探究桑树光合相关基因的调控模式

李勇, 黄锦, 于翠, 莫荣利, 朱志贤, 董朝霞, 胡兴明, 邓文

湖北省农业科学院经济作物研究所,武汉 430064

收稿日期:2022-09-23 出版日期:2022-12-25 发布日期:2023-01-18
通讯作者: 邓文（1968-）,男,湖北天门人,研究员,主要从事桑树种质资源创新利用研究,（电话）027-87526001（电子信箱）dengwen@hbaas.com。
作者简介:李勇（1980-）,男,山东菏泽人,副研究员,博士,主要从事桑树种质资源创新利用及抗逆分子机制研究,（电话）027-87106001（电子信箱）liyong8057@hbaas.com。
基金资助:
湖北省重点研发计划项目（2022BBA0065）; 国家现代农业产业技术体系建设专项项目（CARS-18）

Analysis of the regulation patterns of photosynthesis-related genes in mulberry based on WGCNA

LI Yong, HUANG Jin, YU Cui, MO Rong-li, ZHU Zhi-xian, DONG Chao-xia, HU Xing-ming, DENG Wen

Cash Crops Research Institute, Hubei Academy of Agricultural Sciences, Wuhan 430064,China

Received:2022-09-23 Online:2022-12-25 Published:2023-01-18

摘要/Abstract

摘要： 基于前期桑树转录组数据和光合表型数据,通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）共获得10个基因模块与表型关联,筛选到MEmagenta、MEgreen、MEyellow、MEpurple和MEblack光合相关基因模块。GO和KEGG分析显示,DEGs显著富集在光合相关酶活性、碳代谢和固碳等途径,筛选到12个与光合作用高度相关的基因。通过RNA-seq结合WGCNA分析,筛选了3个光合关键基因,即光系统Q（B）蛋白L484_000029基因、核糖二磷酸羧化酶L484_000836基因、核糖二磷酸羧化酶/加氧酶激活酶2 L484_025354基因。该结果为进一步研究桑树光合作用调控机理提供支持。

关键词: 加权基因共表达网络分析, 桑树, 光合相关基因

Abstract: Based on the previous mulberry transcriptome data and photosynthetic phenotype data,through WGCNA analysis, 10 gene modules associated with the phenotype were obtained, and screenedthe photosynthetic-related gene modules of MEmagenta, MEgreen, MEyellow, MEpurple, and MEblack were screened. GO and KEGG analysis showed that DEGs were significantly enriched in the activities of photosynthesis-related enzymes, carbon metabolism and carbon fixation. 12 genes highly related to photosynthesis were screened. Finally, through RNA-seq combined with WGCNA analysis, three key photosynthetic genes were selected, namely, photosystem Q（B） protein L484_000029 gene, ribose bisphosphate carboxylase L484_000836 gene, and ribose bisphosphate carboxylase/oxygenase activator 2 L484_025354 gene. The results provided support for further research on the regulation mechanism of mulberry photosynthesis.

Key words: WGCNA, mulberry, photosynthesis-related genes

中图分类号:

S888.2

李勇, 黄锦, 于翠, 莫荣利, 朱志贤, 董朝霞, 胡兴明, 邓文. 基于加权基因共表达网络分析探究桑树光合相关基因的调控模式[J]. 湖北农业科学, 2022, 61(24): 163-169.

LI Yong, HUANG Jin, YU Cui, MO Rong-li, ZHU Zhi-xian, DONG Chao-xia, HU Xing-ming, DENG Wen. Analysis of the regulation patterns of photosynthesis-related genes in mulberry based on WGCNA[J]. HUBEI AGRICULTURAL SCIENCES, 2022, 61(24): 163-169.

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基于加权基因共表达网络分析探究桑树光合相关基因的调控模式

Analysis of the regulation patterns of photosynthesis-related genes in mulberry based on WGCNA

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