基于叶绿体matK基因序列的两份安康野生桑遗传特征分析

doi:10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2020.15.030

湖北农业科学 ›› 2020, Vol. 59 ›› Issue (15): 151-154.doi: 10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2020.15.030

基于叶绿体matK基因序列的两份安康野生桑遗传特征分析

王瑞娴¹, 楚渠², 彭云武², 孟刚², 梁嘉俊², 周晓帆¹

1.安康学院现代农业与生物科技学院,陕西安康 725000;
2.安康学院陕西省蚕桑重点实验室,陕西安康 725000

收稿日期:2019-10-21 出版日期:2020-08-10 发布日期:2020-09-24
作者简介:王瑞娴（1986-）,女,山东济南人,讲师,博士,主要从事植物遗传育种研究,（电话）15191567546（电子信箱）wrx@aku.edu.cn。
基金资助:
安康学院校内专项项目（2016AYXNZX019）; 陕西省教育厅重点实验室科研计划项目（17JS001）; 安康市科技计划项目（2018AK02-13）; 大学生创新创业训练计划项目（2017sxjy010）

Genetic character analysis of two wild mulberry varieties in Ankang based on chloroplast matK gene sequence

WANG Rui-xian¹, CHU Qu², PENG Yun-wu², MENG Gang², LIANG Jia-jun², ZHOU Xiao-fan¹

1. School of Modern Agriculture and Biotechnology, Ankang University, Ankang 725000, Shaanxi, China;
2. Shaanxi Key Laboratory of Sericulture, Ankang University, Ankang 725000, Shaanxi, China

Received:2019-10-21 Online:2020-08-10 Published:2020-09-24

摘要/Abstract

摘要： 对陕西省安康市黄石滩、八仙镇2份野生桑叶绿体基因组进行PCR扩增,获得matK编码基因及其侧翼序列,扩增长度为1 715 bp,ORF长度为1 518 bp,2份序列仅存在1处单碱基差异。利用matK序列分析7份桑树（Morus alba L.）之间的遗传多样性,结果表明,不同品种桑树matK序列相似度较高,仅存在6个单位点碱基差异,定义3种单倍体,单倍型多样度为0.714,核苷酸多样度为0.001 32,平均核苷酸差异为2.000。遗传距离分析表明,八仙镇桑树与印度桑（M. indica）、鲁桑（M. multicaulis）的遗传距离最近,黄石滩桑树与蒙桑（M. mongolica）、华桑（M. cathayana）的遗传距离最近。聚类分析将7份桑树聚为1支,且桑树品种之间的进化支长要明显短于其他科属之间的长度,表明桑树品种间的遗传多样性较低,经历较少进化事件。

关键词: 桑树（Morus alba L.）, 进化分析, 遗传多样性, 叶绿体, matK

Abstract: The matK gene sequences of two wild mulberry that collected form Huangshitan and Baxian town （Ankang city, Shaanxi province） have been obtained by PCR. The length of amplified sequences is 1 715 bp while the ORF is 1 518 bp. Only one base difference when compared with each other. The genetic variations of 7 mulberry have been analyzed with the matK genes. The results showed that 6 variable sites were detected, which defined 3 haplotypes in Morus alba, and the haplotype diversity was 0.714. The nucleotide diversity was 0.001 32 and the average nucleotide difference was 2.000 respectively. As for the genetic distances, Baxian was closer to M. indica and M. multicaulis, while Huangshitan was closer to M. mongolica and M. cathayana. Cluster analysis demonstrated that the seven mulberries were grouped together, and the branch was shorter than other species, implied lower genetic diversity and fewer evolutionary events proceeded.

Key words: Morus alba L., phylogenetic analysis, genetic diversity, chloroplast, matK

中图分类号:

S888.2

王瑞娴, 楚渠, 彭云武, 孟刚, 梁嘉俊, 周晓帆. 基于叶绿体matK基因序列的两份安康野生桑遗传特征分析[J]. 湖北农业科学, 2020, 59(15): 151-154.

WANG Rui-xian, CHU Qu, PENG Yun-wu, MENG Gang, LIANG Jia-jun, ZHOU Xiao-fan. Genetic character analysis of two wild mulberry varieties in Ankang based on chloroplast matK gene sequence[J]. HUBEI AGRICULTURAL SCIENCES, 2020, 59(15): 151-154.

参考文献

[1] 黄自然,杨军,吕雪娟. 桑树作为动物饲料的应用价值与研究进展[J]. 蚕业科学,2006(3):377-385.
[2] 范浩,庄愉. 桑叶药食同源开发应用研究进展[J]. 现代农业科技,2017(14):78-79, 83.
[3] 曾卫湘. 53份桑资源叶的药用品质评价[D]. 重庆:西南大学,2017.
[4] 中国农业科学院蚕业研究所. 中国桑树栽培学[M]. 上海:上海科学技术出版社, 1985.
[5] 张同武. 植物细胞器基因组测序,组装及比较基因组学研究[D]. 杭州:浙江大学,2012.
[6] HILU K W, LIANG H P.The matK gene: Sequence variation and application in plant systematics[J]. American journal of botany,1997,84(6):830-839.
[7] OZDILEK A, CENGEL B, KANDEMIR G, et al.Molecular phylogeny of relict-endemic liquidambar orientalis mill based on sequence diversity of the chloroplast-encoded matK gene[J]. Plant systematics and evolution,2012,298(2): 337-349.
[8] PLUNKETT G M,SOLTIS D E,SOLTIS P.Clarification of the relationship beteen apiaceae and araliaceae based on matK and rbcL sequence data[J]. American journal of botany,1997,84(4):565.
[9] SPECHT C D, KRESS W J, STEVENSON D W, et al.A molecular phylogeny of costaceae (Zingiberales)[J]. Molecular phylogenetics and evolution,2001,21(3):333-345.
[10] 刘宇婧,刘越,黄耀江,等. 植物DNA条形码技术的发展及应用[J]. 植物资源与环境学报,2011,20(1):74-82, 93.
[11] 滕艳芬,吴晓俊,徐红,等. 石斛及其常见混淆品的matK基因序列比较[J]. 中国药科大学学报,2002(4):18-21.
[12] 刘静,何涛,淳泽. 药用石斛的叶绿体matK基因序列分析及鉴别[J]. 药学学报,2009,44(9):1051-1055.
[13] 赵卫国,张志芳,潘一乐,等. 桑树trnL-trnF基因间隔区序列的特点及分析[J]. 蚕业科学,2002,28(2):83-86.
[14] 汪伟,王兴科,朱昱萍,等. 基于trnL内含子序列的桑属植物分子系统学初探[J]. 蚕业科学,2008,34(2):298-301.
[15] 王晖,高妍夏,高德满,等. 桑树matK基因的生物信息学分析[J]. 北方蚕业,2014,35(4):14-17.
[16] KONG W Q, YANG J H.The complete chloroplast genome sequence of Morus mongolica and a comparative analysis within the fabidae clade[J]. Curr genet, 2016, 62(1):165-72.
[17] KONG W Q, YANG J H.The complete chloroplast genome sequence of Morus cathayana and Morus multicaulis, and comparative analysis within genus Morus L[J]. Peerj, 2017, 5:e3037.

基于叶绿体matK基因序列的两份安康野生桑遗传特征分析

Genetic character analysis of two wild mulberry varieties in Ankang based on chloroplast matK gene sequence

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	尹家银, 喻娇, 唐青海, 滕威, 阳坤, 曹馨, 徐晴, 刘博, 李泽. 一株仔猪产肠毒素大肠杆菌分离鉴定、耐药性分析及其卵黄抗体的制备[J]. 湖北农业科学, 2023, 62(4): 127-134.
[2]	郭莉, 马现斌, 李新彦, 胡飞. 襄阳市夏玉米品种遗传多样性分析和综合评价[J]. 湖北农业科学, 2023, 62(12): 4-8.
[3]	李仁学, 江玲, 顾钦, 李世升, 李竟才. 基于SRAP标记的大别山薯蓣群体结构分析[J]. 湖北农业科学, 2022, 61(9): 156-161.
[4]	袁莉霞, 王芙蓉, 刘姝, 孙妍, 楼天灵. 乌药matK基因的生物信息学及多样性分析[J]. 湖北农业科学, 2022, 61(6): 157-160.
[5]	王彩云, 侯俊, 周茂嫦, 李恒谦, 成忠均, 王永, 张翔宇. 天麻遗传多样性研究[J]. 湖北农业科学, 2022, 61(18): 131-138.
[6]	仝佳音, 田易萍, 邓少春, 杨方慧, 张艳梅, 陈春林, 汤海昆. 茶树品种紫娟及其诱变后代生化成分分析和聚类分析[J]. 湖北农业科学, 2022, 61(11): 119-122.
[7]	吴浩, 周磊, 袁莉霞, 孙崇鲁. 三叶崖爬藤matK基因编码区全序列测定及编码产物研究[J]. 湖北农业科学, 2021, 60(7): 126-129.
[8]	徐小万, 夏碧波, 吴智明, 田永红. 国外引进辣椒DNA表观遗传多样性分析[J]. 湖北农业科学, 2021, 60(6): 76-80.
[9]	黄锦, 李勇, 于翠, 朱志贤, 莫荣利, 董朝霞, 胡兴明, 邓文. 基因编辑技术及其在桑树育种中的应用前景展望[J]. 湖北农业科学, 2021, 60(23): 8-14.
[10]	何润铭, 黎振兴, 郭汉权, 黄智文, 田永红, 沈颖, 刘洪标. 基于表型性状的番茄品种遗传多样性分析[J]. 湖北农业科学, 2021, 60(18): 115-120.
[11]	翟瑶, 周丹娜, 梁婉, 杨克礼, 袁芳艳, 郭锐, 李鹏, 田永祥. 伪狂犬病毒HuB2020株的分离与鉴定[J]. 湖北农业科学, 2021, 60(10): 105-109.
[12]	周晓帆, 李静, 王瑞, 李锐, 王瑞娴. 安康市花魔芋matK基因的克隆及分析[J]. 湖北农业科学, 2020, 59(11): 131-133.
[13]	金方伦, 王贤玉, 韩世玉, 罗朝斌, 杨胜特, 黎明, 胡世叶. 桑树叶片大小与质量的相关性[J]. 湖北农业科学, 2020, 59(1): 74-77.
[14]	童俊, 毛静, 董艳芳, 徐冬云, 方林川, 郭彩霞, 王燕, 周媛. 鸢尾属部分种质资源遗传多样性的SRAP分析[J]. 湖北农业科学, 2019, 58(4): 88-92.
[15]	李勇, 于翠, 莫荣利, 邓文, 熊超, 庄楚雄, 胡兴明. 桑树光合作用转录组研究[J]. 湖北农业科学, 2019, 58(23): 101-111.