不同花色白芨四种DNA条形码的序列分析

doi:10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2018.17.027

湖北农业科学 ›› 2018, Vol. 57 ›› Issue (17): 106-110.doi: 10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2018.17.027

不同花色白芨四种DNA条形码的序列分析

曾丽娜^1a, 刘显义^1a, 石建龙², 梁大勇², 张洁^1a, 张婷婷^1a,1b, 任建国^1a,1b, 刘红美^1a,1b

1.贵州医科大学,a.生物与工程学院;b.医药生物技术工程研究中心,贵阳 550025;
2.贵州省遵义市龙驰生物科技有限公司,贵州遵义 563100

收稿日期:2018-04-27 出版日期:2018-09-10 发布日期:2020-04-02
通讯作者: 刘红美（1975-）,女,贵州遵义人,教授,博士,主要从事药用植物生物技术方面的研究,（电话）18785034546（电子信箱）hmliu@gmc.edu.cn。
作者简介:曾丽娜（1992-）,女,贵州毕节人,实验员,主要从事生物技术方面的研究,（电话）15761602127（电子信箱）1500233916@qq.com。
基金资助:
贵州省重点学科（培育）项目（ZDXK[2016]26号）; 贵州医科大学校级重点实验室建设项目（校重点实验室2016002）; 贵州医科大学校级工程研究中心建设项目（校工程中心2016002）; 贵州省细胞与基因工程创新群体重大研究项目（黔教合KY字[2016]031）

Sequence Analysis of Different Flower Color of Bletilla striata Based on Four DNA Barcoding Markers

ZENG Li-na^1a, LIU Xian-yi^1a, SHI Jian-long², LIANG Da-yong², ZHANG Jie^1a, ZHANG Ting-ting^1a,1b, REN Jian-guo^1a,1b, LIU Hong-mei^1a,1b

1a.School of Biology and Engineering; 1b.Engineering Research Center of Medical Biotechnology,Guizhou Medical University,Guiyang 550025,China;
2.Zunyi Longchi Biological Technology Co., Ltd.,Zunyi 563100,Guizhou,China

Received:2018-04-27 Online:2018-09-10 Published:2020-04-02

摘要/Abstract

摘要： 采用CTAB法提取2种花色白芨基因组DNA,选用trnH-psbA、rbcL、ITS、LSU D1-D3 4种植物DNA条形码通用引物进行PCR扩增,分析黄花、紫花白芨（Bletilla striata）4种DNA条形码的序列,扩增产物纯化后连接T载体并测序,用DNAMAN软件对测序结果进行多序列比对分析。再根据SNP位点设计引物,利用位点特异性PCR扩增进行鉴定。结果表明,4对植物DNA条形码通用引物均能进行扩增,其中trnH-psbA序列没有发现SNP位点、rbcL序列出现2个SNP位点、ITS序列出现62个SNP位点、LSU D1-D3序列出现3个SNP位点。根据LSU D1-D3序列上的2个SNP位点设计的引物DUAN5（5′-TAGTAACGGCGAGCGAAC-3′）和JDHH（5′-TTATCAGCTTCCTTGCGCCCG-3′）能准确鉴定出黄花白芨,成功获得鉴定黄花白芨的引物序列。

关键词: 白芨（Bletilla striata）, DNA条形码, PCR, SNP

Abstract: Genomic DNA was extracted from the two kinds of color of Bletilla striata by using the CTAB method. To analysis the sequence of different flower color of Bletilla striata based on the four kinds of DNA barcode for further identification. Four DNA barcoding markers（trnH-psbA,rbcL,ITS and LSU D1-D3） were selected for PCR. PCR product was ligated into T vector for sequencing. The sequencing results were analyzed by using DNAMAN software. According to the SNP loci of different color of Bletilla striata, the primers were designed for identifying different color of Bletilla striata. Result showed that：two kinds of flower color of Bletilla striata genomic DNA can be amplified based on 4 pairs primers of plant DNA barcode markers and SNP loci were found. None SNP locus was found in trnH-psbA sequence. Two SNP loci were found in rbcL sequence. Sixty-two SNP loci were found in ITS sequence. Three SNP loci were found in LSU D1-D3 sequence. Primer DUAN5（5′-TAGTAACGGCGAGCGAAC-3′） and JDHH（5′-TTATCAGCTTCCTTGCGCCCG-3′） can be used for identifying the yellow flower color of Bletilla striata according to the SNP loci in LSU D1-D3 sequence. The primers were found for identifying the yellow flower color of Bletilla striata.

Key words: Bletilla striata, DNA barcode, PCR, SNP

中图分类号:

R282

曾丽娜, 刘显义, 石建龙, 梁大勇, 张洁, 张婷婷, 任建国, 刘红美. 不同花色白芨四种DNA条形码的序列分析[J]. 湖北农业科学, 2018, 57(17): 106-110.

ZENG Li-na, LIU Xian-yi, SHI Jian-long, LIANG Da-yong, ZHANG Jie, ZHANG Ting-ting, REN Jian-guo, LIU Hong-mei. Sequence Analysis of Different Flower Color of Bletilla striata Based on Four DNA Barcoding Markers[J]. HUBEI AGRICULTURAL SCIENCES, 2018, 57(17): 106-110.

参考文献

[1] 仇硕,赵健,唐凤鸾,等.白芨产业的发展现状、存在问题及展望[J].贵州农业科学,2017,45(4):96-98.
[2] 和寿星,徐中志,薛润光,等.白芨无菌播种育苗技术[J].云南农业科技,2010,39(6):38-39.
[3] 张燕,黎斌,李汝娟,等.白芨种子的无菌萌发过程观察和组培快繁研究[J].北方园艺,2013,40(3):158-160.
[4] 石云平,赵志国,唐凤鸾,等.白芨愈伤组织诱导、增殖与分化研究[J].中草药,2013,44(3):349-353.
[5] 史文旋,张跃进.白芨种子直播繁殖技术研究[J].北方园艺,2017(7):160-165.
[6] 孙宇龙,侯北伟,耿丽霞,等.基于SRAP标记的白芨遗传多样性和遗传结构评价[J].药学学报,2016,51(1):147-152.
[7] 和志娇,吕丽芬,杨丽云,等.白芨种质资源遗传多样性的ISSR分析[J].西南农业学报,2008,21(4):1081-1085.
[8] 陈锦,杨侃侃,王志伟,等.利用RAPD、ISSR标记分析白芨种质资源遗传多样性的研究[J].中国农学通报,2017,33(12):137-142.
[9] CHEN S L,PANG X H,SONG J Y,et al.A renaissance in herbal medicine identification:From morphology to DNA[J].Biotechnol Adv,2014,32(7):1237-1244.
[10] 蔡金龙,谢世清,张广辉,等.药用植物DNA条形码鉴定研究进展[J].植物科学学报,2017,35(3):452-464.
[11] 吴劲松,张宇思,刘薇,等.白芨属药用植物DNA条形码的确立及其应用[J].药学学报,2014,49(10):1466-1474.
[12] 韩奇,汤健,王晓琴,等.基于DNA条形码技术鉴别5种列当属药用植物[J].中国现代中药,2017,19(7):917-923.
[13] PANG X H,LIU C,SHI L C,et al.Utility of the trnH-psbA intergenic spacer region and its combinations as plant DNA barcodes:A meta-analysis[J].PLoS One,2012,7(11):e48833.
[14] 闫化学,于杰.DNA条形码技术在植物中的研究现状[J].植物学报,2010,45(1):102-108.
[15] DONG W P,C HENG T,LI C H,et al.Discriminating plants using the DNA barcode rbcLb:An appraisal based on a large data set[J].Molecular Ecology Resources,2014,14(2):336-343.
[16] HOLLINGSWORTH P M,FORREST L L,SPOUGE J L,et al.A DNA barcode for land plants[J].PNAS,2009,106(31):12794-12797.
[17] 刘淑艳,张傲,李玉.菌物DNA条形码技术的研究进展[J].华中农业大学学报,2012,31(1):121-126.
[18] 赵丹,周涛,江维克,等.基于ITS2序列SNP位点鉴定白芨药材芨其混伪品[J].中国中药杂志,2015,40(18):3573-3578.

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Sequence Analysis of Different Flower Color of Bletilla striata Based on Four DNA Barcoding Markers

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[1]	余海军, 王茜. 探讨DNA条形码对摇蚊属物种界定的有效性[J]. 湖北农业科学, 2021, 60(5): 144-148.
[2]	倪婧, 谢道燕, 江秀均, 杨振国, 柴建萍. 朱砂叶螨各发育阶段内参基因评估及筛选[J]. 湖北农业科学, 2021, 60(11): 141-145.
[3]	罗秀芹, 韦卓文, 杨龙, 薛晶晶. 木薯组培苗中叶绿素和类胡萝卜素含量分析[J]. 湖北农业科学, 2020, 59(4): 136-140.
[4]	黄涛, 程璐, 莫长欢, 王孝忠, 申杰, 皮劲松, 龚炎长. 鸡HDLBP基因SNP鉴定及其与蛋用性能关联分析[J]. 湖北农业科学, 2020, 59(24): 144-147.
[5]	余海军, 王乙婷, 黄鑫, 邰春青, 郑慧芳, 王茜. 雷公山自然保护区摇蚊科的物种鉴定[J]. 湖北农业科学, 2020, 59(20): 83-87.
[6]	周佳伟, 乔木, 吴俊静, 王孝忠, 刘贵生, 梅书棋, 彭先文. 猪DKK2基因的多态性与母猪产仔数性状的关联分析[J]. 湖北农业科学, 2020, 59(20): 138-140.
[7]	周佳伟, 吴俊静, 乔木, 刘贵生, 彭先文, 梅书棋. 猪SPATA6基因的多态性与精液品质性状的关联分析[J]. 湖北农业科学, 2019, 58(24): 163-166.
[8]	查中萍, 万丙良, 殷得所, 杜雪树, 李进波, 夏明元, 戚华雄, 李圆梦. 转cry1Ab/cry1Ac基因水稻TT51-1中外源基因多重PCR检测方法[J]. 湖北农业科学, 2019, 58(24): 232-235.
[9]	林志雄, 鱼海琼, 王莹, 翟建新, 张利. 马流感H3N8实时荧光RT-PCR检测方法的建立[J]. 湖北农业科学, 2019, 58(17): 129-131.
[10]	王红琳, 卢琴, 张腾飞, 张文婷, 罗青平, 汪宏才, 张蓉蓉, 罗玲, 邵华斌. 鸭源荚膜血清A型多杀性巴氏杆菌的分离与鉴定[J]. 湖北农业科学, 2019, 58(12): 116-118.
[11]	曹建波, 张如华. 柽柳核基因组微卫星反应体系的建立和优化[J]. 湖北农业科学, 2018, 57(7): 122-124.
[12]	王莉, 刘晓辉, 马静怡, 罗媛, 李志民. 文冠果种子发育过程中神经酸合成积累相关基因的表达分析[J]. 湖北农业科学, 2018, 57(4): 117-120.
[13]	许萍萍, 粟寒, 王振华, 刘中慧, 李甜甜, 李彬, 吴翠萍. 入境旅客携带苹果中粉红聚端孢菌的检测与鉴定[J]. 湖北农业科学, 2018, 57(2): 67-72.
[14]	张丹丹, 周延清, 杨珂. 基因特异性分子标记在植物育种中的研究进展[J]. 湖北农业科学, 2018, 57(11): 5-9.